ciecl 0.9.2 (2026-01-20)

CRAN Resubmission - Example Timing

• Ejemplos de cie_search() envueltos en \donttest{} para reducir tiempo de check
• Tiempo de ejemplos reducido de ~12s a ~2s

ciecl 0.9.1 (2026-01-19)

English summary below

CRAN Resubmission Fixes

Correccion de errores reportados por CRAN en revision de v0.9.0.

Bug Fixes

• FTS5 tabla faltante: Agregar verificacion independiente de cie10_fts
  • Si la BD tiene cie10 pero no cie10_fts (cache corrupto), ahora se recrea
  • Soluciona error “no such table: cie10_fts” en examples/tests
  • Afecta get_cie10_db() en R/cie-sql.R
• Link invalido README: Cambiar link relativo DEPENDENCIAS.md a URL absoluta
  • CRAN no incluye archivos de raiz en paquete instalado
  • Ahora apunta a GitHub: https://github.com/Rodotasso/ciecl/blob/main/DEPENDENCIAS.md
• Script audit removido de tests/: Mover audit_elite_cran.R a tools/
  • Contenia rutas hardcodeadas locales
  • CRAN no ejecuta scripts en tools/

Tests y Validacion

• 0 errores, 0 warnings en R CMD check (Windows, macOS, Linux)
• Examples de cie_lookup() y cie_search() ejecutan sin error

English Summary

CRAN Resubmission Fixes

• Missing FTS5 table: Independent verification of cie10_fts table
• Invalid README link: Changed relative link to absolute GitHub URL
• Audit script moved: audit_elite_cran.R moved from tests/ to tools/

ciecl 0.9.0 (2026-01-18)

English summary below

Optimizacion de Rendimiento - FTS5

Version candidata a release con mejoras significativas de rendimiento.

Nuevas Funcionalidades

• FTS5 Full-Text Search: Busquedas de texto ~100x mas rapidas
  • Tabla virtual SQLite FTS5 para pre-filtrado en SQL
  • cie_search() ahora filtra en SQLite antes de traer datos a R
  • Reduccion de tiempo de busqueda de ~30s a <1s
• Vectorizacion de cie_lookup(): Query batch con IN clause
  • Una sola conexion para multiples codigos (antes N conexiones)
  • Mejora significativa para procesamiento de datasets grandes

Seguridad

• Sanitizacion SQL injection en FTS5: Solo caracteres alfanumericos permitidos
• Proteccion contra inyeccion de comandos FTS5 maliciosos

Limpieza de Proyecto

• Fixtures de prueba movidos fuera del paquete (reduccion ~2.5 MB)
• Eliminado helper-fixtures.R no utilizado

Tests y Validacion

• 1088 tests pasando
• 0 errores, 0 warnings en R CMD check
• Cobertura de tests mantenida

English Summary

Performance Optimization - FTS5

Release candidate with significant performance improvements.

• FTS5 Full-Text Search: ~100x faster text searches
• Vectorized cie_lookup(): Batch queries with IN clause
• SQL injection protection: Sanitized FTS5 inputs
• Project cleanup: Test fixtures moved outside package

Tests: 1088 passing | R CMD check: 0 errors, 0 warnings

ciecl 0.8.0 (2026-01-17)

English summary below

Suite de Tests Exhaustiva - Cobertura CRAN

Aumento masivo de cobertura de tests para cumplir estandares CRAN:

• 850 tests (antes 305)
• 96.41% cobertura (meta CRAN >80%)
• 0 errores, 0 warnings, 0 notes en R CMD check

Nuevos Archivos de Tests

• test-cie-data.R: Tests para funciones de generacion de datos
  • parsear_cie10_minsal(): Parsing de XLS MINSAL
  • generar_cie10_cl(): Generacion de dataset
  • Validacion de dataset cie10_cl cargado
  • Verificacion de estructura, unicidad y formatos
• test-data-integrity.R: Validacion de integridad del dataset cie10_cl
  • Estructura de columnas correcta
  • 39,877 codigos unicos
  • Sin NAs ni valores vacios en campos criticos
  • Formato CIE-10 valido (>95% de codigos)
  • Codigos especificos conocidos (diabetes, hipertension, neoplasias, IAM)
• test-utils-internal.R: Tests de funciones internas
  • normalizar_tildes(): Remocion de tildes y caracteres especiales
  • get_siglas_medicas(): Diccionario de 88 siglas medicas
  • expandir_sigla(): Expansion de siglas a terminos de busqueda
  • extract_cie_from_text(): Extraccion de codigos de texto con ruido
  • cie10_empty_tibble(): Tibble vacio con estructura correcta
  • sigla_to_codigo(): Conversion de siglas a codigos CIE-10
  • cie_lookup_single(): Busqueda interna de codigo unico
• test-comorbid-validation.R: Validacion exhaustiva de comorbilidades
  • Calculo Charlson con datos sinteticos
  • Calculo Elixhauser con categorias validadas
  • Manejo de NA y codigos vacios
  • Categorizacion correcta por patologia
• test-api-mock.R: Tests de API sin conexion real
  • Validacion de parametros
  • Manejo de errores
  • Formato de API key
  • Estructura de respuesta

Tests Expandidos

• test-robustness.R: +40 nuevos tests
  • get_cie10_db(): Conexion DBI, creacion de indices
  • cie10_clear_cache(): Eliminacion idempotente
  • cie10_sql(): Bloqueo de keywords peligrosos (DROP, DELETE, UPDATE, etc.)
  • Proteccion contra SQL injection
• test-cie-search.R: +15 nuevos tests
  • Edge cases de threshold (0.0, 1.0)
  • Modo solo_fuzzy=TRUE
  • Busqueda en campo inclusion
  • Validacion de parametros incorrectos
  • Normalizacion de tildes
  • cie_guia_busqueda()
• test-cie-table.R: +8 nuevos tests
  • Parametro interactive
  • Expansion jerarquica
  • Columnas esperadas
  • Manejo de codigos invalidos
• test-cie-utils.R: +36 nuevos tests
  • cie_normalizar() con buscar_db=TRUE y edge cases
  • cie_validate_vector() con strict=TRUE y validacion DB
  • cie_expand() con valores vacios/NA/NULL
  • Manejo de caracteres especiales Unicode
  • Cobertura: 94.55%
• test-cie-api.R: +12 nuevos tests
  • Tests con API real (skip_on_cran, requiere ICD_API_KEY)
  • Parsing de resultados JSON
  • Manejo de busquedas sin resultados
  • Limpieza de tags HTML
  • Soporte idiomas es/en
• test-cie-sql.R: +15 nuevos tests
  • Queries con WHERE, LIKE, GROUP BY, ORDER BY
  • Bloqueo de ALTER, CREATE, TRUNCATE, ATTACH, PRAGMA
  • Queries con saltos de linea

Mejoras de Estabilidad

• API estable sin breaking changes
• Manejo robusto de errores en todas las funciones
• Conexiones DB con on.exit() garantizado
• Validacion de inputs en funciones publicas

English Summary

First Stable Release

First stable version of ciecl, the R package for working with Chile’s official ICD-10 classification (MINSAL/DEIS v2018).

Comprehensive Test Suite - CRAN Ready

• 850 tests (up from 305)
• 96.41% coverage (CRAN target >80%)
• 0 errors, 0 warnings, 0 notes in R CMD check

New test files for: - Data generation functions (parsear_cie10_minsal, generar_cie10_cl) - Dataset integrity validation - Internal functions - Comorbidity validation - API mocking and real API tests - Expanded robustness tests - SQL security tests - Edge cases coverage

Coverage by file: - cie-search.R: 99.38% - cie-sql.R: 97.37% - cie-comorbid.R: 96.77% - cie-utils.R: 94.55% - cie-table.R: 92.00%

ciecl 0.1.0 (2026-01-17)

English summary below

Tests de Comorbilidad

Validacion exhaustiva de funciones cie_comorbid() y cie_map_comorbid() con bases sinteticas:

Bases de Prueba Generadas

• 15_comorbid_charlson.csv: 500 pacientes, 2007 diagnosticos
  • Codigos de 17 categorias Charlson (MI, CHF, PVD, CEVD, demencia, EPOC, etc.)
  • Scores validados: rango 1-15 puntos
• 16_comorbid_elixhauser.csv: 500 pacientes, 3219 diagnosticos
  • Codigos de 31 categorias Elixhauser
  • Categorias por paciente: 1-8
• 17_comorbid_mixto.csv: 200 pacientes, edge cases
  • 50 pacientes con NA en diagnosticos (ignorados correctamente)
  • 50 pacientes con codigos invalidos mezclados
  • 50 pacientes con un solo codigo
  • Validacion de robustez ante datos sucios

Resultados de Validacion

• cie_comorbid(map="charlson"): Calculo correcto de score_charlson
• cie_comorbid(map="elixhauser"): Calculo correcto de categorias booleanas
• Manejo robusto de NA y codigos vacios (warnings informativos)
• Codigos invalidos no afectan calculo de pacientes validos

Codigos CIE-10 Testeados por Categoria

• Infarto miocardio: I21.0-I22.9, I25.2
• Insuficiencia cardiaca: I50.0-I50.9, I11.0, I13.0
• Diabetes: E10.0-E14.9 (sin/con complicaciones)
• Enfermedad renal: N18.1-N18.9, N19
• EPOC: J40-J44.9
• Cancer: C18.x, C34.x, C50.x, C61, C67.x, C71.x, C73
• VIH/SIDA: B20-B24

Bug Fixes

• cie_lookup_single(): Corregir emisión de warning para rangos invertidos
  • Usar paste0() en lugar de concatenación con comas en warning()
  • Tests ahora suprimen warnings esperados con suppressWarnings()

Mejoras

• cie_lookup(): Documentación mejorada del parámetro extract:
  • Advertencia clara de usar extract=TRUE solo con códigos escalares
  • Ejemplos de uso correcto con prefijos/sufijos
  • Evita confusiones con vectores múltiples
• extract_cie_from_text(): Función interna para extraer código CIE-10 de texto con ruido
  • Soporta prefijos: “CIE:E11.0” -> “E11.0”
  • Soporta sufijos: “E11.0-confirmado” -> “E11.0”
  • Soporta ambos: “CIE:E11.0-prov” -> “E11.0”

Tests

• test-cie-search.R: Modificar test de rangos invertidos para usar suppressWarnings()
• test-edge-cases.R: Modificar test de rangos para usar suppressWarnings()

English Summary

Comorbidity Tests

Exhaustive validation of cie_comorbid() and cie_map_comorbid() with synthetic datasets: * 500-patient Charlson test base with 2007 diagnoses * 500-patient Elixhauser test base with 3219 diagnoses * 200-patient mixed test base with edge cases (NA values, invalid codes)

Bug Fixes

• cie_lookup_single(): Fix warning emission for inverted ranges

Improvements

• cie_lookup(): Improved documentation for extract parameter
• extract_cie_from_text(): Internal function to extract ICD-10 codes from noisy text

ciecl 0.1.0.9000 (desarrollo - historico)

Nuevas funcionalidades

• cie_search(): Soporte para 88 siglas medicas comunes en Chile:
  • Cardiovasculares: IAM, HTA, ACV, FA, ICC, TEP, TVP
  • Respiratorias: TBC, EPOC, NAC, SDRA
  • Metabolicas: DM, DM1, DM2, ERC, IRC
  • Infecciosas: VIH, ITU, ITS
  • Oncologicas: CA, LMA, LMC, LLA, LLC
  • Neurologicas: TEC, EPI, EM, ELA
  • Y muchas mas (ver cie_siglas())
• cie_search(): Tolerancia a tildes mejorada:
  • “neumonia” ahora encuentra “neumonía”
  • “rinon” encuentra “riñón”
  • “corazon” encuentra “corazón”
• cie_search(): Busqueda por subcadena como estrategia principal:
  • Mas rapido y preciso para terminos exactos
  • Fuzzy search como fallback para typos
• cie_siglas(): Nueva funcion para listar todas las siglas medicas soportadas

Datos

• Dataset cie10_cl: Agregados 4 codigos COVID-19 de actualizaciones OMS 2021:
  • U08.9: Historia personal de COVID-19
  • U09.9: Condicion post COVID-19 (COVID prolongado)
  • U10.9: Sindrome inflamatorio multisistemico (PIMS)
  • U12.9: Efecto adverso de vacunas COVID-19 (ESAVI)
  • Total codigos: 39,877 (antes 39,873)

Mejoras

• cie_normalizar(): Manejo robusto de caracteres especiales comunes en datos clinicos:

  • Espacios internos (E 11 0 -> E11.0)
  • Guiones en lugar de puntos (I10-0 -> I10.0)
  • Puntos multiples consecutivos (E..11 -> E.11)
  • Puntos iniciales (.I10 -> I10)
  • Simbolos daga y asterisco de codificacion dual (A17.0† -> A17.0, G01* -> G01)

• cie_normalizar(): Ahora elimina automaticamente el sufijo “X” de codigos CIE-10 (ej. I10X -> I10, J00X -> J00). Esto permite trabajar con codigos que usan “X” para indicar ausencia de subcategoria adicional.

• cie_normalizar(): Preserva X en codigos largos (>5 chars) donde es placeholder obligatorio del 7o caracter de extension en trauma/lesiones (ej. S72X01A). Esto asegura compatibilidad con codificacion ICD-10-CM.

ciecl 0.1.0 (BETA)

NOTA: Esta es una version beta en desarrollo activo. La API puede cambiar antes de la version estable 1.0.0.

Funcionalidades principales

• Sistema de busqueda SQL optimizado con SQLite persistente
• Busqueda fuzzy con algoritmo Jaro-Winkler para matching de terminos medicos
• Calculo de comorbilidades Charlson y Elixhauser adaptadas a codigos chilenos
• Integracion con API CIE-11 de la OMS
• Validacion y expansion de codigos jerarquicos CIE-10
• Tablas interactivas con paquete gt (opcional)
• Dataset completo CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018

Funciones exportadas

Busqueda y consulta

• cie_lookup() - Busqueda exacta por codigo (vectorizada)
• cie_search() - Busqueda fuzzy de terminos medicos
• cie10_sql() - Consultas SQL directas sobre CIE-10
• cie11_search() - Busqueda en API CIE-11 OMS (requiere credenciales)

Utilidades

• cie_expand() - Expansion jerarquica de categorias
• cie_validate_vector() - Validacion formato de codigos
• cie_normalizar() - Normalizacion de codigos
• cie10_clear_cache() - Limpiar cache SQLite

Comorbilidades (requiere paquete comorbidity)

• cie_comorbid() - Calculo de indices de comorbilidad
• cie_map_comorbid() - Mapeo de categorias de comorbilidad

Visualizacion (requiere paquete gt)

• cie_table() - Tablas interactivas GT

Generacion de datos

• generar_cie10_cl() - Generar dataset desde XLS/XLSX MINSAL (requiere readxl)

Dataset incluido

• cie10_cl - 39,873 codigos CIE-10 Chile oficial MINSAL/DEIS v2018
  • Incluye categorias (3 digitos) y subcategorias (4+ digitos)
  • Columnas: codigo, descripcion, categoria, inclusion, exclusion, capitulo, es_daga, es_cruz

Estado del desarrollo

• Dataset generado y validado: 39,873 registros
• Tests unitarios: 8 archivos de tests
• R CMD check: 0 errores, 0 warnings
• Documentacion completa con roxygen2
• Vignette funcional incluida

Notas para usuarios beta

Esta version esta siendo probada activamente. Por favor reporta cualquier problema en: https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues

Primera release

Primera version beta del paquete ciecl para trabajar con Clasificacion Internacional de Enfermedades CIE-10 de Chile en R.

Fuente de datos: Centro FIC Chile DEIS