

* ajouter un warning dans make_cr_graph, make_crsr_graph, make_sr_graph quand le graphe généré contient des loops et/ou multiple edges -- 20241208 : je ne l'observe plus
* Traiter le cas des valeurs d'admixture négatives. (par ex: data du tai) -- 20241208 : je ne l'observe plus
* bug dans frag.layers.cohesion(), lorsque 1 layer ne contient qu'1 fragment
* frag.get.parameters:  
	* distinguer (en assurant retrocompatibilité) : 
		* frag.balance.estimated = actuelle mesure de 'balance'
		* frag.balance.observed: = ratio du nbre de fragments in 1st layer.    table(igraph::V(g)$layer)[1] / igraph::gorder(g)
		* objects.balance.estimated = actuelle mesure de 'components.balance'
		* objects.balance.observed: = ratio du nbre d'objects
		* disturbance.observed = 
		* disturbance.estimated = 
	* étudier l'effet du remplacement de sd() par mad() dans le calcul de l'aggration
* frag.simul.compare : ajouter les variables supplémentaires générées par frag.get.parameters (n.object, weights.median, weights.mad, disturbance, etc.)

* TODO : add a function (or parameter in `frag.layers.admixture()`) to handle similarity relationships, return result as a distance object
* frag.graph.plot: permettre de modifier les couleurs?


# sur le modèle

* la définition de balance est peu clair "Proportion of fragments to generate in the first layer before applying disturbances."
  car c'est un paramètre ni à propos de l'état initial ni à propos de l'état final
  (mais d'un état intermédiaire)
  
  Il est plus intéressant de contrôler la proportion finale 
  
  Ah non. Interpréter comme :
  Si il n'y avait pas eu de déplacements par perturbation, alors le différentiel de nbre de fragment aurait dû être celui ci
